L’Innominato è un potentissimo signore di cui il narratore dice di non poter rivelare il nome, e di cui ricostruisce la vita attraverso gli storici del tempo. Fin da giovane ha fatto ciò che le leggi vietano, è stato bandito, ha servito anche principi stranieri, e ora vive in un castello sul confine con il territorio di Bergamo, da dove domina la valle con i suoi bravi. I prepotenti della zona devono scegliere se essergli amici o nemici, e la sua fama è diventata quasi leggendaria. Don Rodrigo, suo amico segreto, gli chiede aiuto per rapire Lucia, e lui accetta: attraverso Egidio e Gertrude fa uscire la ragazza dal monastero di Monza e la fa portare al castello.
L’incontro con Lucia lo turba più di quanto voglia ammettere. La giovane lo supplica di lasciarla andare e gli ripete che Dio perdona tante cose per un’opera di misericordia; quelle parole gli tornano in mente per tutta la notte, mentre ripensa ai suoi delitti, prova orrore della propria vita e arriva a impugnare un’arma per uccidersi, fermato dal pensiero di ciò che potrebbe attenderlo dopo la morte: «E se c’è quest’altra vita...!». All’alba sente le campane suonare a festa per l’arrivo del cardinale Federigo Borromeo in un paese vicino, e decide di andare da lui.
Il colloquio con il cardinale è il momento della conversione: accolto con affetto e abbracciato, confessa di provare, pur inorridito di sé, una gioia mai conosciuta: «Dio veramente grande! Dio veramente buono!». Libera subito Lucia, annuncia ai suoi uomini che non dovranno più commettere delitti in suo nome e cambia vita. Durante il passaggio dei lanzichenecchi apre il castello ai profughi della valle, tra cui don Abbondio, Perpetua e Agnese, e ne guida la difesa restando sempre disarmato. L’Innominato mostra fino a che punto possa arrivare la trasformazione di un uomo: la sua forza non viene meno, ma si mette al servizio del bene.